回到劉備軍中的陸羽就像如魚得水一樣，很快就適應了這種生活。
不過陸羽也發現了一些問題，現在劉備的地盤比起原來小了很多，只有汝南一郡和新野附近的幾個縣，人口不到八十萬，只有原來的五分之一。然而卻保留了原來徐州的大部分軍隊，有近十三萬人。也即是說差不多六個百姓就要養一個兵，如此民何以堪。
另外由於自己的出現，劉備手下可以說聚集了一批人才，但卻也因此出現了分工不明，辦事效率低下的毛病。
爲此陸羽專門找劉備談了一夜，提出了改革的必要，沒想到劉備也有這樣的打算，兩人一拍就合，在劉備的支持下，陸羽開始了這場影響後世的改革。
陸羽想要改革的願望在江東時就已經有了，在喬府的rì子裏，他仔細整理了一些現代學到的知識，對這個時代的政治，經濟，軍事提出了一系列改良的策略，在他的計劃裏，眼前開始的只是第一步。
在軍事方面，陸羽發現五千人左右的士兵最合適一個將領指揮，遇到突發情況他可以可以隨時根據敵情如臂使指的調動這麼大規模的一支軍隊，而不致於出現兵不識將，指揮不靈的情況。所以陸羽將五千人編製成一營，作爲最小的dú lì指揮單位，五營爲一師，四師爲一軍。
現在劉備軍共有十三萬多人，其中原來徐州的丹陽兵五萬，幷州狼騎兩萬，黑騎軍五千，趙雲從公孫瓚留下的部隊中帶來的白馬騎兵五千，高順的陷陣營這時也擴編到五千，原本從黃巾軍中挑選的jīng銳一萬五千人，剩下的是衛戍部隊。
陸羽將十三萬人編爲二十六營，丹陽兵編爲左右兩師，分別由關羽，張飛兩人統領，幷州狼騎編爲天狼，地狼，神狼，鬼狼四營，分別交給紀靈，徐盛，關平，劉封統領，太史慈掌管黑騎軍改編的鐵騎營，趙雲掌管白馬騎兵改變的飛騎營，高順掌管陷陣營，另外由於看到重步兵在戰鬥中取得的重要作用，陸羽決定重組重步兵，他將黃巾降兵裝備成兩個jīng於攻城的重盾步兵營和一個專門對付野戰騎兵的重槍步兵營，分別交給周倉，裴元紹和管亥負責。
剩下的部隊被陸羽編爲一個衛戍師，由張遼統領，糜芳，劉闢和龔都輔之。
另外陸羽還舉辦了一次全軍比武，挑出了一千人組成了真正的近衛營由劉備親自掌管。
鑑於軍隊的規模比起單薄的人口實在過於龐大，陸羽採取了後世努爾哈赤管理女真八旗的方法，即“出則爲兵，入則爲民。”採取軍屯的方法，輪流訓練，雖然一定程度上影響了軍隊的訓練，但對於已經成型的劉備軍影響並不大。卻因此開墾出一大片良田，使得軍隊自食其力，極大地緩解了軍民矛盾。
另外陸羽還實行了軍團等級制度，即把二十幾個營按照戰鬥力分成甲、乙、丙、丁四級軍團，每隔一段時間陸羽都會安排一次審覈，按照所立的軍功來晉升等級，而沒有立軍功，或立得比較少的營將按照降級處理。
而以後士兵的待遇和所發授的裝備也將按照軍團等級來區分，等級越高的營士兵待遇越好，所發的裝備也越jīng良，而且甲級以上的營都可以獲得自己的稱號。
此法一出，全軍譁然，按照陳登的話講，以後這些士兵想打仗還不想瘋了。
在行政方面，陸羽想採用以後隋唐時期的三省六部法，畢竟在這個時代實行是什麼後世的mín zhǔ政治都是扯蛋，在生產關係和生產力還沒有達到那種高度，人民還沒有那種政治覺悟之前，只會使得天下大亂。
陸羽暫時只借鑑了三省六部制的一部分體制，進行了禮、吏、刑、兵、戶、工六部的分工，省去了三省繁瑣的政令審覈制度，並不是說他不好，相反三省制是一種制約官員以權謀私的好方法。但對於現在劉備軍這麼小的地盤，上層官員可以隨時瞭解到民間的消息，這樣zhèng fǔ的首要目標就在於高效率的辦事能力，而沒必要增加這樣的機構以使得行政過於冗雜繁瑣。
在陸羽的改革裏，六部又有微小之處區別於後世。六部的負責人都稱爲主管。
禮部，主要負責現在與各諸侯國之間的外交，及陸羽後面改革中的教育，科舉事宜，有口纔出衆的孫乾管理。
吏部，陸羽改革中關鍵的一環，主要負責對官員的監督，審查，彈駭和推薦，對於吏部主管這個位置，陸羽思慮再三，這個人必須能接受自己的思想，明白改革的jīng神所在，他才能爲改革提拔合適的人才，由於暫時沒有合適的人選，陸羽只好自己兼管。
刑部，掌管民間的各種訴訟的審覈和最終判定，瞭解和處理民間的各項糾紛，簡雍是誠信君子，從涿郡時就跟隨了劉備，忠心耿耿，所以陸羽將吏部交給他掌管。
兵部，是後世情報部門和參謀部門的集合，不僅要負責收集天下各地的情報還要適時制定出恰當的戰略方案，鑑於兵部的任務在這個時期是最重要的也是最繁重的，所以陸羽將目前劉備手下兩個最傑出的謀士陳宮和陳登都放在了這裏，由陳登主要負責收集情報，陳宮負責制定計劃。
戶部，也就是財政部，它將對劉備軍領地內的各項財政收支進行dú lì覈算，並負責徵收各種賦稅，並派人審覈各種建設的投資，這個部門當然是由商家出身的糜竺掌管。
工部，提出合理的建設意見並負責各種工程的建設、維護等，另外，陸羽還將工商業的發展也納入到工部的管理範圍之內，以陳羣那傑出的行政能力絕對是這個部門長官的首選。
六部直接對劉備負責，地位平等，互相監督、幫助而又互不幹涉。 !